6月26日，唐生智抵达长沙，随即向武汉国民党中央报告处置湖南事件所拟办法：党部及民众团体着即停止活动；许克祥记过一次，留营效力。27日，国民党中政会开会讨论唐生智所拟办法。会上，只有于右任提出，对于许克祥，未免处置太轻了。而汪精卫则表示，只要唐生智能镇压下去，可以照准。会议乃决议电复唐生智，照所拟办法施行。在此之前，唐生智对中共在湖南的活动一直表示支持和容忍，即使在马日事变发生后，仍表示拥护孙中山的农工政策，决不压迫农工群众，甚至声称“反共产就是反革命”。但当唐生智抵达长沙后，态度为之一变，公然表示反共，声称“湖南以前种种惨劫，完全是湖南的共产党所造成”。6月29日，国民党中政会批准唐生智提出的改组湖南省政府、省党部的人选名单。一场军队镇压农工运动的叛乱，就这样宣告结束。张国焘认为，马日事变是军队镇压农工运动获得成功的一次行动，是汪精卫明显向右转的一个标志，也是武汉整个局势转变的标志。
马日事变之后不久，江西又发生了遣送共产党人事件。自蒋介石离开南昌以后，武汉国民政府任命朱培德为江西省政府主席。宁汉分裂后，朱培德虽站在武汉一方，但仍和南京方面保持联系。朱培德第3军下属第9师师长曾万钟有受蒋介石运动之嫌疑，被政治工作人员举发，朱培德只好将曾万钟撤换，但因此而引发军队将领与政治工作人员之间的矛盾。一些军官借故告假，一些士兵也说他们的饷银寄回湖南后，被农民协会所扣，还有的军官诉说其湖南的老家被抄。军官们纷纷质问朱培德：究竟是为国民党作战，还是为共产党作战？朱觉得自己军队中起了分化，弄得军心涣散，士无斗志，甚是不安。马日事变发生后，朱培德难免受到影响。5月29日，朱培德要求军中与武装同志有矛盾的几位政治工作人员暂时离开江西，以免引起不好的后果。未料此举在政治工作人员中引起强烈反弹。他们表示，要走大家走，要留大家留。在双方弄成僵局的情况下，朱培德乃决定请他们都走。30日，第3军全部政治工作人员142人被遣送出境。6月4日，朱又开列了一张20人的名单，多为江西省党部、南昌市党部以及农工团体的代表人物。朱拿出3万元作旅费和家属安置费，请他们离开江西。随后出动军警，查封了江西省总工会、市党部、学生会、农民协会和《民国日报》社。6日，朱培德布告称，凡共产党员应完全退出，个人之身体财产，政府当负责保护；省内一切农工运动着暂时停止，听候中央指导；各民众团体及民众对于共产党及农工运动之人，不得寻仇报复，并不得轻以共产党员名目诬陷他人，违者军法从事。