这样便产生了特别委员会委员32人和候补委员9人，这个机构明显的是桂系人物和西山派占了优势，蒋、胡只是挂名委员而已，汪派干将陈公博、顾孟余等只能叨陪末座，当个候补生，即便如此，西山派人士仍未解恨，一再坚持与共产党关系密切之人，不能进入中央机构。
汪精卫方感到无油水可捞，非去不成局。乃以防范共产党过于迟缓，请求处分，引咎自责，同时以“患病”为托辞，同陈、顾等人一起悄然返汉。汪等一走，特委会中桂系和西山派声势更壮。
9月15日，国民党特别委员会在南京正式成立，同时由特委会改组了国民政府和军事委员会，名义上国民政府有46人组成，以谭延闿、胡汉民、蔡元培、李烈钧、汪精卫、于右任等人任常务委员会，轮流担任主席；军事委员会有66人组成，以程潜、何应钦、白崇禧为常委。而实际上，这两个委员会都不过是桂系手中的工具。谭延闿、李烈钧虽然出面领导政府工作，骨子里他们的一举一动都必须遵循李宗仁、白崇禧的旨意行事。军事委员会的情况也是如此，3个常务虽然把程潜放在首位，但因程潜的第六军已被蒋介石解散，新组织的部队不为人所重视，李、白只是利用程的老招牌发发通电，壮壮声势而已。何应钦虽然在蒋介石下野后拼命扩张实力，把第一军改编为第一、第九军两个军，提拔刘峙、顾祝同分任军长，以便控制，还把蒋介石的心腹陈诚调充军事委员会军务署署长，剥夺他的第二十一师师长实权，以消后患，但何应钦还是如同“泥菩萨过江”，自身难保，无力与桂系抗衡，也无权过问军事委员会的事。